Não acho que flatpak vá substituir sistemas de pacotes nativos, mas creio que torne-se cada vez mais comum. Especialmente para distribuir “bolhas” binárias.

Talvez o snap suma, talvez torne-se algo mais focado no mercado empresarial. Mas não acho que vá fazer muita diferença ao usuário normal.

o flatpak é o futuro. já é o padrão em muitas distros, é uma plataforma simples e universal, os snaps tiveram problemas muito cedo e meio que perderam um pouco o embalo, muito por culpa dos proprios problemas do snap. teve por muito tempo problemas de performance , e ficou com uma má reputação que a canonical meio que tem também, de forma não justificada na maioria dos casos. enfim, o flatpak é o melhor, é uma plataforma melhor pra distribuir seus programas e é inevitavel, muito parecido com o wayland, com o pipewire e com tantas outras coisas que vieram. não acho que o snap vai sumir ou vai ter o mesmo destino do unity, porque o mercado empresarial e de servidor, que é o foco da canonical, vai manter os snaps vivos, porque é perfeito pra esse tipo de uso.